（1）对不合法不合规的无效质疑的处理
采购人、采购代理机构对于不符合《政府采购法》第五十二条和《政府采购法实施条例》第五十五条的质疑，应当认定为不合法不合规的质疑，应书面告知其质疑为无效质疑，依法无法答复。
（2）对质疑函内容不完全符合规定、缺少某些内容的处理
如果质疑是合法合规的有效质疑，仅是由于质疑函确实缺少某些内容，只要没有导致采购人、采购代理机构无法答复则依法调查和处理后，根据调查和处理的事实，按照94号令第十六条的规定来答复。
缺少如下内容的质疑函将导致采购人、采购代理机构无法答复：质疑供应商名称缺乏或者虚假（无名或者非实名质疑）；联系人和联系方式缺少或者虚假；没有质疑事项无法知道质疑内容；委托代理人没有提交书面授权委托书无法确定其为授权代表；没有签字没有盖章等。
（3）采购人未在委托授权范围内授权采购代理机构答复的质疑事项，采购代理机构应书面告知质疑供应商向采购人提出质疑，采购代理机构无权答复。
